Năm 2015 Thực hiện cổ phần hóa theo chỉ đạo của Chính phủ. Tổng công ty Đường sắt Việt Nam thực hiện tách khối khai thác đường sắt thành các Chi nhánh Khai thác Đường sắt, khối vận tải thì thực hiện cổ phần hóa hình thành các Chi nhánh Vận tải Hàng hóa trực thuộc công ty Cổ phần Vận tải Đường sắt Hà Nội và công ty Cổ phần Vận tải Đường sắt Sài Gòn. Chi nhánh Vận tải Đường sắt Hải Phòng ra đời, làm nhiệm vụ khai thác vận chuyển hàng hóa, hành khách, hành lý trên các ga, từ ga Hải Phòng Cảng đến Gia Lâm và quản lý các đoàn tàu nhanh trên tuyến đường sắt Hà Nội - Hải Phòng.
Năm 2018 tách địa phận ga Gia Lâm và ga Phú Thụy về Chi nhánh Vận tải Đường sắt Hà Nội, phần còn lại thuộc Chi nhánh Vận tải Đường sắt Hải Phòng.
Năm 2021 Sau đại dịch covid19 Chi nhánh Vận tải Đường sắt Hải Phòng là đầu tàu đưa hành khách về Hải Phòng trải nghiệm Foodtour.
Năm 2024 hợp nhất hai công ty công ty Cổ phần Vận tải Đường sắt Hà Nội và công ty Cổ Phần Vận tải Đường sắt Sài Gòn thành công ty Cổ Phần Vận tải Đường sắt, Chi nhánh Vận tải Đường sắt Hải Phòng được giữ nguyên.
Năm 2025 ngày 10 tháng 5 nâng cấp các đoàn tàu nhanh trên tuyến Hà Nội - Hải Phòng với nội, ngoại thất được thiết kế riêng mang tên Tàu Hoa Phượng Đỏ.
